京都大学経済研究所は、経済理論の国際的な研究拠点として認知されている。 慶應義塾大学と共同で発刊しているInternational Journal of Economic Theory は世界的な専門誌として評価を受けており、 日本の研究者が中心となって編集するものとしては初めての経済理論の国際専門誌である。 また、外国人客員教員用ポストを設置し、世界の指導的研究者を招へいするとともに、多数の国際共同研究を実施しており、 外国人研究者が絶え間なく訪れている。このような実績を踏まえ、アメリカ、フランスなど海外の大学と協定を結び、 活発に研究交流を行っている。

2007年7月1日、独立行政法人・経済産業研究所（日本）と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。
経済産業研究所（RIETI : Research Institute of Economy, Trade and Industry）は、中長期的に戦略的な視点に立った世界的レベルの調査分析・政策研究に基づき、創造的かつ斬新な政策議論を誘発する新たなプラットフォームとして、2001年4月1日に設立された非公務員型の独立行政法人です。（引用元：経済産業研究所ウェブページ）

2008年8月1日、EUインスティテュート関西（日本）とEU経済に関する共同研究において研究協力協定を締結しました。
EUインスティテュート関西（EU Institute in Japan, Kansai）は、EU（欧州連合）に関する教育・学術研究の促進、広報活動の推進や情報発信を通して、日・EU関係の強化に貢献するため2005年4月1日に、欧州委員会の資金援助により神戸大学・関西学院大学・大阪大学からなるコンソーシアムとして設立されました。

一橋大学経済研究所は、経済社会に関するデータベース群の構築や、統計データと直結した理論・実証分析及び政策研究において高い成果をあげており、日本および世界経済の高度実証分析の拠点に認定されています。拠点間の連携の強化を目指して覚書を交わしています。

大阪大学社会経済研究所は、経済理論・実証、政策研究において高い成果をあげており、経済成長や景気循環など現代的課題に関し提言を出しています。附属行動経済学研究センターは共同利用・共同研究拠点に認定され、拠点間の連携の強化を目指して覚書を交わしています。

慶応義塾大学パネルデータ設計・解析センターは、同大学経済研究所内に主に家計・消費などのパネルデータの公開と分析を目的に設置された機関で、共同利用・共同研究拠点（パネル調査共同研究拠点）に認定されています。拠点間の連携強化を目指して覚書を交わしています。

2024年6月19日、掛川市役所において「国立大学法人京都大学経済研究所と掛川市連携・協力に関する協定の締結式」が行われました。この協定を通じ、掛川市の保有するデータを活用し、行政分野の課題解決に資する共同研究を行ったり、市職員向けの講演・研修を行っていくこととしています。

2023年9月22日、高知県庁において、京都大学経済研究所と高知県との「科学的知見を活用した地方創生に向けた連携に関する協定」を締結しました。
高知県のデータを活用して少子化対策に取り組む他、観光振興・産業振興等、多分野で地方創生に向けた連携を強化していくことで合意し、協定書の調印・交換を行いました。

2024年5月22日、高知県庁において、「高知県と京都大学経済研究所、三井住友カード株式会社との連携・協力に関する協定」を締結しました。 三井住友カード株式会社が提供するキャッシュレス決済データを用いて、高知県の観光振興施策に関する評価・研究を行い、観光関連産業の生産性や所得の向上を通して、同県の人口減少対策につなげていくため連携を強化していくことで合意し、協定書の調印・交換を行いました。

2024年9月17日、神戸企画調整局と連携・協力に関する協定を締結しました。 経済学およびデータサイエンス分野を軸としたEBPM（科学的根拠に基づく政策立案）の推進に向け、官学連携で取り組むことで合意しました。今後は定期的な会合を通して、行政分野の課題解決に向けた共同研究等を進めていきます。

2007年4月2日、ロシア高等経済大学院（ロシア）と学術交流に関する協定を締結しました。
ロシア高等経済大学院（国立大学）は、1992年にモスクワに創立され、サンクトペテルブルグ、ニジニ・ノブゴロド、ペルミにも分校をもつ屈指の高等教育機関です。経済学部、法学部、社会学部などの社会科学系の学部・大学院から構成されており、経済発展貿易省および教育省と協力関係にあります。また、応用研究センターなど附置研究機関も擁しており、毎年4月に大規模な国際学会を開催しています。

2007年7月26日、パリ第一ソルボンヌ大学経済研究所（フランス）と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。
パリ大学は、古い歴史を誇るソルボンヌ大学をパリ第一大学として、そこに所属する研究所は、約1300の研究ユニットを包括するフランス最大の研究所組織国立科学研究センター（CNRS）のメンバーをも所員としたフランス有数の経済研究所です。

2007年7月26日、フランス計量経済学研究所（フランス）と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。

2007年11月28日、エックス・マルセイユ大学（フランス）と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。
エックス・マルセイユ大学は、フランス第二の都市、マルセイユに1970年に創立されました。文学部・法学部などからなるエックス・マルセイユⅠ大学と、自然科学系の学部からなるエックス・マルセイユⅡ大学、そして、経済学部・政治学部などからなるエックス・マルセイユⅢ大学から構成されています。

2008年2月22日、ソウル大学経済研究所（韓国）と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。

2009年4月22日、ノースカロライナ大学チャペルヒル校経済学部（アメリカ）と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。
ノースカロライナ大学チャペルヒル校は1789年創立で、教養学、法学、ビジネス、医学の部門を擁しています。経済学部は教養部門のひとつで、研究に重きをおいています。同学部には30名の常勤教授が在籍しており、 学内の他部局だけでなく、デューク大学、ノースカロライナ州立大学とも積極的に連携しています。

2009年9月8日、経済研究ヘルシンキセンター（HECER・フィンランド）と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。
HECERは、ヘルシンキ大学経済学科、アアルト大学経済学科（2009年まで、ヘルシンキ経済大学）、ハンケン経済大学の３校が共同で参画している研究センターです。

2010年3月23日、ハンガリー科学アカデミー経済研究所（ハンガリー）と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。
ハンガリー科学アカデミー（1808年創設）経済研究所は、経済学の理論・応用研究について、とくに現代市場理論、ハンガリー市場移行論に傾斜して研究しています。マクロ経済学と成長、労働、教育経済学、工業組織など 7つの研究部門を擁しており、研究だけでなく、教育面でも貢献しています。

2017年6月22日、北京大学中国経済研究センター（中国）と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。

2018年4月2日、台湾亜州大学と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。

2018年4月19日、サンクトペテルブルグ大学（ロシア）と学術協力及び交流に関する協定を締結しました。

延世大学は韓国・ソウルにある私立大学で、韓国のトップ大学の一つです。
同大学の経済学部の前身は1915年に創設され、経済学教育を行った最初の韓国の大学です。