京都大学経済学部では、産業経済の理論、実証研究を行う場として、 1955年任意団体として総合経済研究所を設立し、1960年これを財団法人総合経済研究所に改めた。この研究活動を発展させるため、京都大学は、総合経済研究所を基に、1962年4月1日から国立大学設置法による大学の附置研究所として経済研究所を創設した。当初は、まず産業構造、比較産業の2研究部門をもって発足し、以下の経緯を経て、現在に至る。

 

1962年4月1日京都大学経済研究所を創設

1964年4月1日地域経済、資源経済の２研究部門を増設

1966年4月1日計画経済、産業統計の2研究部門を増設

1977年4月18日環境経済研究部門を増設

1979年4月1日比較経済体制研究部門を増設

1981年4月1日現代経済分析研究部門（客員）を増設

1983年4月1日比較経済分析研究部門（外国人客員）を増設 （10年間期限付き）

1986年4月5日数量産業分析、経済計画、資源環境、比較経済の４大研究部門となり、12研究領域に改組

1993年4月1日比較経済分析研究部門（外国人客員）を国際政治経済研究部門（外国人客員）に改組

1994年6月24日資産経済研究部門を増設し、５大研究部門15研究領域となる 　

2000年4月1日附属金融工学研究センターを新設

2001年10月1日野村證券グループの寄付により寄附研究部門「応用金融工学（野村証券グループ）研究部門」を創設

2002年4月1日経済計画研究部門を複雑系経済研究部門に改称

2004年4月1日５大研究部門、１研究センターを経済情報分析、経済制度、公共政策の３大研究部門と金融工学、複雑系経済の２研究センターに改組

2004年4月1日東京分室開設

2004年10月１日　寄附研究部門「応用金融工学（野村証券グループ）研究部門」をの設置期間を延長。 （2007年9月30日まで)

2005年7月1日　附属先端政策分析研究センターを新設